Pues bajo mi propia experiencia, Magic Video Converter es una gran aplicación para el cambio de formato o transformación de formato, puede convertir a diferentes extenciones inclusive desde un archivo de flash a mp3, hasta wmv a dvd, es una aplicación nativa de windows, pero puede ser usada perfectamente por ubuntu mediante el wine. Para descargarlo sólo den clic en el enlace siguiente:

http://rapidshare.com/files/233276728/MAGICVC.zip

En el zip viene incluido ya todo lo necesario para hacerlo funcionar.

NOTA: Recuerden que es un programa para windows, así que cuando lo descompriman dan clic con boton derecho y le dan ejecutar con WINE.

Aqui una pantalla de la instalación y registro:

Una con el programa en ejecución:

Seleccionando un archivo a convertir.

Llevando a cabo la transformación:

Espero les sea útil la info… Y disculpa David, hasta ahorita tuve tiempo.