Bueno primero hay que descargar el .tar de la página oficial de MySQL el link es el siguiente:

http://dev.mysql.com/get/Downloads/MySQLGUITools/mysql-gui-tools-5.0r12-linux-i386.tar.gz/from/http://mirror.services.wisc.edu/mysql/

En este link anterior yo seleccione el mirror de la universidad de Wisconsin pero da igual de dónde lo bajen ustedes. Ya que tengan el paquete de instalación hay que instalarlo de manera similar al xampp, abrimos la consola y ponemos lo siguiente:

sudo tar xvfz -C /opt

Despues ponen el cursor en medio de xvfz y -C de la siguiente manera y arrastramos desde nuestro escritorio el archivo mysql-gui-tools-5.0r12-linux-i386.tar.gz a la terminal, esto nos pondrá la dirección del archivo entre comillas simples.  Se arrastra el icono de la siguiente manera:

Ahora ya simplemente damos enter y veremos como crea la lista de los elementos que se están extrayendo del comprimido:

Si abrimos la carpeta /opt/ mysql… podremos ver que efectivamente ya tenemos todo descomprimido:

Ahora ya está nuestro MySQL GUI Tools instalado, para ejecutar el MySQL Query Browser podemos crear un lanzador, ya que a pesar de que lo instalamos este no nos creará un boton en nuestro menú de aplicaciones, esto se hace de la siguiente manera:

Damos clic con el boton derecho sobre nuestra barra superior y seleccionamos la opción “Añadir al panel” así:

Lo que nos dará una ventana como la siguiente, tenemos que seleccionar ahí la opción “Lanzador de Aplicación Personalizado”.

Damos doble clic para que nos de la ventana “Crear un Lanzador”, en tipo dejamos la opción que tiene que es “Aplicación”, en nombre le asignamos un nombre por ejemplo MySQL Query Browser y en donde dice Comando oprimimos examinar y buscamos /opt/mysql-gui-tools-5.0 y seleccionamos el archivo mysql-query-browser

Oprimimos el boton abrir, luego asignamos un comentario, sí es su deseo, si no, puede quedar en blanco y finalmente damos aceptar y eso es todo, cuando apretemos sobre el trampolin que creamos nos abrirá la siguiente ventana común que conocemos si usamos el query browser.

Si tienen instalado el xampp y no modificaron la configuración en server hostname pongan 127.0.0.1, en username root y en password dejan en blanco y listo, oprimen conect y es todo, ya con esto tienen como administrar gráficamente sus bases de datos desde linux.