Quizá todos estamos acostumbrados a ver como estan distribuidas las aplicaciones windows, ya que finalmente windows nos guste o no es el sistema más comercial del mundo, y por ello es que se nos hace muy comun pensar que cuando instalas un programa generalmente todo se va a c:/Archivos de Programa/ o cuando creas a un usuario automaticamente hace c:/Documents and Settings/usuario y de ahi todos tus documentos se encuentran en c:/Documents and Settings/usuario/Mis Documentos/ y así, sin embargo esta arquitectura en la composición de un sistema operativo no es la única, linux tiene la suya basada en unix, que son parecidas entre ellas y con su ahora hermana MACOS que esta basada también en unix.
Para poder comprender mejor como funciona esta estructura, les dejo esta imagen que muestra como funciona dicho arbol.
Si es un poco complicado porque no sabes mucho ingles pues también está la versión en español para más sencillo.
Visto en: tuxazteca, buen blog… chequeno… 
muy bueno hace rato que vengo buscando algunos tips como estos.
seria interesante que hagas una comparación para que quede un poco mas claro.
por ejemplo:
en windows los archivos del usuario como música videos y fotografías se almacenan en:
c:/Documents and Settings/usuario/Mis Documentos/musica
en linux…
bueno, muy interesante el blog un saludo